Thành phố nằm trên khu vực bờ biển giữa Hồ Nokoué và Đại Tây Dương. Nó bị chia tách làm hai bởi một con kênh và vùng đầm phá Cotonou được người Pháp đào vào năm 1855. Cửa sông Oueme đổ vào Đại Tây Dương tại Cotonou.

Thành phố đã thiết lập cơ sở hạ tầng giao thông bao gồm đường hàng không, đường biển, đường sông (đến Porto-Novo) và các tuyến đường bộ tạo thuận lợi cho thương mại với các nước láng giềng Nigeria, Niger, Burkina Faso và Togo.

Sự xói mòn của bờ biển đã được ghi nhận trong nhiều thập kỷ. Nó trở nên tồi tệ hơn vào năm 1961, sau khi đập Nangbeto và cảng nước sâu Cotonou được xây dựng. Một dự án thí điểm do Chương trình Môi trường Liên Hiệp Quốc (UNEP) tài trợ đã chỉ ra rằng trong 40 năm, bờ biển phía đông Cotonou đã ăn sâu vào 400 mét.[4] Sự xói mòn này đã khiến nhiều người phải rời bỏ nhà cửa dọc theo bờ biển.[5]